本发明涉及一种土壤修复过滤系统及过滤分离土壤修复方法,包括底板、箱体、碾压机构、筛分机构、电磁分选机构和输送机构,所述底板上安装有箱体,箱体呈顶部开口结构,箱体下侧左右两端开有输送槽,箱体上从上到下依次安装有碾压机构、筛分机构和电磁分选机构,电磁分选机构数量为二,且对称安装在箱体上,底板上安装有输送机构,输送机构安装在输送槽内,污染的土壤通过碾压机构的粉碎,再通过筛分机构的筛选,过滤大颗粒物,电磁分选机构对筛分后的土壤中重金属进行吸附,解决了由于土壤板结不易彻底粉碎处理,板结块中的重金属不易分离出来,收集的金属元素含有大量的土壤和杂质等问题。