本发明公开了一种基于多重进化矩阵的蛋白质二级结构预测方法,包括:下载蛋白质NR数据库及BLAST程序本地软件包,生成给定蛋白质序列的位置特异性打分矩阵PSSM矩阵,对PSI‑BLAST程序进行参数调整得到蛋白质序列的不同趋异度的进化矩阵;对进化矩阵中的所有特征向量进行处理,构成多重进化矩阵特征;将多重进化矩阵的特征作为分类器的输入并对分类准确率进行评价,获得优化模型;针对结构未知的蛋白质,输入优化模型,预测蛋白质的二级结构。本发明对于一条蛋白质序列,同时使用多种不同进化趋异度的矩阵来表示蛋白质序列,更为充分的表示了蛋白质结构信息,更全面的考虑了残基替换的可能性,提高了蛋白质二级结构预测的准确率,编码方法简单有效。