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专利号: 2019112694482
申请人: 湖南文理学院
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2025-10-14
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.大眼鳜sIgM基因全长cDNA序列的扩增方法,其特征在于,包括以下步骤:步骤一:总RNA提取和第一链cDNA的合成:

S1.根据动物组织总RNA试剂盒说明书提取大眼鳜总RNA,选用经电泳和紫外分析检测条带清晰、完整性好的RNA用于反转录;

S2.以总RNA为模板,按照反转录试剂盒说明书合成cDNA第1链,所得cDNA于‑20℃保存备用;

步骤二:IgM基因恒定区部分序列的扩增:

S1.设计引物,根据NCBI中已知硬骨鱼类免疫球蛋白IgM基因保守区的cDNA序列设计引物IgM‑F,IgM‑R;

S2.以第一链cDNA为模板进行PCR扩增,PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后,将所得目的条带回收,利用;

S3. 将经PCR扩增后的cDNA序列与PMD‑19T载体连接,转化至大肠杆菌DH5α中,经菌落PCR鉴定后,测序;

步骤三:IgM全长cDNA的扩增:

S1.新提取完整性好的大眼鳜头肾RNA,利用SMARTer RACE 5'/3'Kit试剂盒反转录获得RACE模板;

S2.根据已获得的中间片段设计5'和3'RACE引物,与UPM扩增大眼鳜IgM cDNA的5'和3'端;

S3.将扩增后的产物经PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后,用胶回收试剂盒纯化后与pRACE载体连接,转化到大肠杆菌DH5α株,菌落PCR检测阳性后测序;

S4.将已获得的RNA片段、cDNA片段用DNAstar软件进行拼接并进行序列分析与比对,获得大眼鳜sIgM基因全长cDNA序列,设计sIgM基因ORF引物对sIgM基因序列进一步的进行验证;

步骤四:序列分析:

S1.使用在线软件 open reading frame finder预测氨基酸序列并寻找ORF;

S2.用Blasten工具在GenBank中搜索sIgM同源序列,并使用UniProt and SMART对氨基酸结构域进行标注;

S3.根据氨基酸序列结构,使用NJ法构建系统进化树;

步骤五:实时荧光定量PCR:

S1.分别取大眼鳜头肾、脾脏、肝脏、鳃、肠、中肾、皮肤、脑、心,液氮速冻后,利用动物组织总RNA试剂盒提取总RNA,并用Prime Script RT reagent Kit with gDNA Eraser试剂盒反转录得到cDNA模板;

S2.根据已获得的sIgM重链基因cDNA序列设计荧光定量PCR引物,以β‑actin基因为内参基因,利用SYBR Premix Ex Taq Ⅱ试剂盒对cDNA序列进行扩增;

S3.通过实时荧光定量PCR检测sIgM基因在大眼鳜不同组织中的表达,目的基因相对表达量的计算釆取ΔΔCT法;

得到大眼鳜sIgM基因的cDNA序列如SEQ ID NO:1所示。

2.根据权利要求1所述的大眼鳜sIgM基因全长cDNA序列的扩增方法,其特征在于,步骤二S2所述的PCR扩增条件为:S1. 95 °C,预变性 5min;

S2. 94°C变性30s, 94°C变性30s,54°C退火30 s, 72°C延伸 1min, 共30个循环;

S3. 72 °C 延伸 10min。

3.根据权利要求1所述的大眼鳜sIgM基因全长cDNA序列的扩增方法,其特征在于,步骤三所述PCR扩增的反应条件为:S1.94℃变性5min;

S2. 94℃变性 30s,72℃ 延伸2min ,5个循环;

S3. 94℃ 变性30s,70℃复性 30s,72℃延伸 2min,5个循环;

S4. 94℃变性 30s ,68℃复性 30s,72℃延伸2min,25个循环;

S5.72℃延伸8min,4℃终止。

4.根据权利要求1所述的大眼鳜sIgM基因全长cDNA序列的扩增方法,其特征在于,步骤五S2所述的PCR扩增条件为:S1. 95 °C,预变性30 s;

S2. 94 °C 变性 5 s,56 °C退火30 s, 72 °C延伸30 s, 共40个循环。

5. 根据权利要求1所述的大眼鳜sIgM基因全长cDNA序列的扩增方法,其特征在于,扩增得到的大眼鳜sIgM基因的sIgM 重链基因cDNA序列全长为1952 bp,其中起始密码子ATG的上游有49bp非编码区,终止密码子ATT下游有包含Poly A在内的151bp非编码区序列,开放阅读框长1752 bp;所述Poly A上游20bp处是Poly A终止信号AATAAA。

6. 根据权利要求5所述的大眼鳜sIgM基因全长cDNA序列的扩增方法,其特征在于,扩增得到的大眼鳜sIgM 重链基因cDNA序列还包括583个氨基酸,所述氨基酸包括一个可变区V,四个恒定区Cμ1‑Cμ4;所述可变区V包括4个骨架区FR和3个互补决定区CDR;在骨架区FR和互补决定区CDR内,共存在11个半胱氨酸和10个色氨酸保守位点。

7.根据权利要求1所述的大眼鳜sIgM基因全长cDNA序列的扩增方法,其特征在于,经步骤一—步骤五得到的sIgM基因在大眼鳜各组织中均有表达,但各组织间的表达水平存在较大差异,各组织中表达量从高往低依次为头肾、脾脏、肝脏、心、皮肤、鳃、中肾、肠、脑;其中头肾和脾脏中的IgM基因表达量明显高于其他组织。