本发明涉及一种全程自养脱氮工艺的强化运行方法,属于含氮废水生物处理技术领域。本发明通过在膜生物反应器上设置污泥内回流系统,在内回流管路上施加电磁场发生系统,并采取逐步提高进水氨氮浓度的方式启动全程自养脱氮工艺,通过调控磁场强度和施加周期、混合液内回流比、溶解氧浓度,促进好氧氨氧化菌和厌氧氨氧化菌的生长速率和活性,使二者和谐高效共存,实现全程自养脱氮工艺的快速启动,增强工艺运行稳定性。本发明所属的方法工艺简单,反应条件温和,可提高中低温条件下工艺的脱氮效果;泥水内回流及较高的回流比有利于反应器内活性污泥与污水的充分混合,降低了搅拌动力需求,可降低反应器运行成本,同时更易形成颗粒污泥;反应器不受永磁体尺寸限制,无磁场衰减问题,可随时调节磁场强度,适用范围更广,可在现有反应器基础上进行改造,便于工程应用。