本发明公开了一种海氏肠球菌的PCR扩增引物及探针引物,包括:海氏肠球菌引物正向序列:5'‑CCACTCAGCTTGATGTAA‑3';反向序列:5'‑GTTTGTTCAATAATCTTCAGATC‑3';探针序列:5'‑6‑FAM‑ACAACAGCACCACGACGAT‑TAMRA‑3';一种医用食品中海氏肠球菌的微滴数字PCR检测方法,包括以下步骤:称取25 g样品至盛有225 mL无菌水的均质袋中,充分混匀后10倍梯度稀释,得到待测样品;提取待测样品、阳性对照、阴性对照的DNA;获得鉴定海氏肠球菌的PCR扩增引物及探针;将所得DNA进行微滴数字PCR扩增,获得反应液后进行检测与分析。结果表明该引物对海氏肠球菌的扩增具有特异性;同时微滴数字PCR对其扩增稳定,具有重复性;取浓度为102‑107copies/µL的质粒标准品、102‑107 CFU/mL的菌液纯培养物及含有海氏肠球菌浓度为103‑107 CFU/g的模拟污染样品进行检测,灵敏度较好。