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专利号: 2022113510223
申请人: 中国林业科学研究院亚热带林业研究所
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2026-09-16
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.用于鉴定油茶品种的SNP分子标记,其特征在于,所述SNP分子标记包括以下SNP分子标记中的任意一个或多个的组合:SNP‑1‑16341109,其含有位于油茶1号染色体第16341109位的多态性为A/G的核苷酸序列;

SNP‑1‑22551920,其含有位于油茶1号染色体第22551920位的多态性为C/T的核苷酸序列;

SNP‑1‑34038354,其含有位于油茶1号染色体第34038354位的多态性为T/A的核苷酸序列;

SNP‑1‑49052505,其含有位于油茶1号染色体第49052505位的多态性为A/G的核苷酸序列;

SNP‑1‑110833857,其含有位于油茶1号染色体第110833857位的多态性为G/C的核苷酸序列;

SNP‑1‑115890029,其含有位于油茶1号染色体第115890029的位多态性为A/G的核苷酸序列;

SNP‑1‑188555309,其含有位于油茶1号染色体第188555309的位多态性为T/G的核苷酸序列;

SNP‑2‑4697104,其含有位于油茶2号染色体第4697104位的多态性为T/A的核苷酸序列;

SNP‑2‑102046792,其含有位于油茶2号染色体第102046792位的多态性为C/A的核苷酸序列;

SNP‑3‑58564519,其含有位于油茶3号染色体第58564519位的多态性为C/T的核苷酸序列;

SNP‑4‑5589980,其含有位于油茶4号染色体第5589980位的多态性为T/G的核苷酸序列;

SNP‑5‑59238652,其含有位于油茶5号染色体第59238652位的多态性为G/C的核苷酸序列;

SNP‑5‑135461353,其含有位于油茶5号染色体第135461353位的多态性为T/C的核苷酸序列;

SNP‑5‑175443498,其含有位于油茶5号染色体第175443498位的多态性为T/G的核苷酸序列;

SNP‑6‑123202382,其含有位于油茶6号染色体第123202382位的多态性为A/C的核苷酸序列;

SNP‑6‑125991240,其含有位于油茶6号染色体第125991240位的多态性为T/C的核苷酸序列;

SNP‑7‑134929316,其含有位于油茶7号染色体第134929316位的多态性为T/C的核苷酸序列;

SNP‑8‑37227126,其含有位于油茶8号染色体第37227126位的多态性为C/T的核苷酸序列;

SNP‑9‑10583849,其含有位于油茶9号染色体第10583849位的多态性为A/T的核苷酸序列;

SNP‑9‑23224047,其含有位于油茶9号染色体第23224047位的多态性为T/C的核苷酸序列;

SNP‑9‑89305797,其含有位于油茶9号染色体第89305797位的多态性为T/C的核苷酸序列;

SNP‑9‑95564863,其含有位于油茶9号染色体第95564863位的多态性为G/T的核苷酸序列;

SNP‑10‑146191194,其含有位于油茶10号染色体第146191194位的多态性为G/C的核苷酸序列;

SNP‑11‑126349400,其含有位于油茶11号染色体第126349400位的多态性为C/T的核苷酸序列;

SNP‑11‑150316502,其含有位于油茶11号染色体第150316502位的多态性为G/A的核苷酸序列;

SNP‑11‑175529761,其含有位于油茶11号染色体第175529761位的多态性为G/C的核苷酸序列;

SNP‑12‑38432972,其含有位于油茶12号染色体第38432972位的多态性为C/G的核苷酸序列;

SNP‑12‑88588135,其含有位于油茶12号染色体第88588135位的多态性为G/A的核苷酸序列;

SNP‑13‑180557942,其含有位于油茶13号染色体第180557942位的多态性为T/C的核苷酸序列;

SNP‑14‑86914708,其含有位于油茶14号染色体第86914708位的多态性为T/C的核苷酸序列;

SNP‑14‑87149383,其含有位于油茶14号染色体第87149383位的多态性为G/T的核苷酸序列。

2.根据权利要求1所述的SNP分子标记,其特征在于,所述SNP分子标记包括以下SNP分子标记中的任意一个或多个的组合:SNP‑1‑16341109,其含有如SEQ ID NO.1所示序列第290位的多态性为A/G的核苷酸序列;

SNP‑1‑22551920,其含有如SEQ ID NO.2所示序列第286位的多态性为C/T的核苷酸序列;

SNP‑1‑34038354,其含有如SEQ ID NO.3所示序列第254位的多态性为T/A的核苷酸序列;

SNP‑1‑49052505,其含有如SEQ ID NO.4所示序列第269位的多态性为A/G的核苷酸序列;

SNP‑1‑110833857,其含有如SEQ ID NO.5所示序列第284位的多态性为G/C的核苷酸序列;

SNP‑1‑115890029,其含有如SEQ ID NO.6所示序列第253位的多态性为A/G的核苷酸序列;

SNP‑1‑188555309,其含有如SEQ ID NO.7所示序列第246位的多态性为T/G的核苷酸序列;

SNP‑2‑4697104,其含有如SEQ ID NO.8所示序列第247位的多态性为T/A的核苷酸序列;

SNP‑2‑102046792,其含有如SEQ ID NO.9所示序列第288位的多态性为C/A的核苷酸序列;

SNP‑3‑58564519,其含有如SEQ ID NO.10所示序列第265位的多态性为C/T的核苷酸序列;

SNP‑4‑5589980,其含有如SEQ ID NO.11所示序列第252位的多态性为T/G的核苷酸序列;

SNP‑5‑59238652,其含有如SEQ ID NO.12所示序列第187位的多态性为G/C的核苷酸序列;

SNP‑5‑135461353,其含有如SEQ ID NO.13所示序列第282位的多态性为T/C的核苷酸序列;

SNP‑5‑175443498,其含有如SEQ ID NO.14所示序列第272位的多态性为T/G的核苷酸序列;

SNP‑6‑123202382,其含有如SEQ ID NO.15所示序列第274位的多态性为A/C的核苷酸序列;

SNP‑6‑125991240,其含有如SEQ ID NO.16所示序列第200位的多态性为T/C的核苷酸序列;

SNP‑7‑134929316,其含有如SEQ ID NO.17所示序列第233位的多态性为T/C的核苷酸序列;

SNP‑8‑37227126,其含有如SEQ ID NO.18所示序列第276位的多态性为C/T的核苷酸序列;

SNP‑9‑10583849,其含有如SEQ ID NO.19所示序列第259位的多态性为A/T的核苷酸序列;

SNP‑9‑23224047,其含有如SEQ ID NO.20所示序列第254位的多态性为T/C的核苷酸序列;

SNP‑9‑89305797,其含有如SEQ ID NO.21所示序列第276位的多态性为T/C的核苷酸序列;

SNP‑9‑95564863,其含有如SEQ ID NO.22所示序列第289位的多态性为G/T的核苷酸序列;

SNP‑10‑146191194,其含有如SEQ ID NO.23所示序列第240位的多态性为G/C的核苷酸序列;

SNP‑11‑126349400,其含有如SEQ ID NO.24所示序列第227位的多态性为C/T的核苷酸序列;

SNP‑11‑150316502,其含有如SEQ ID NO.25所示序列第238位的多态性为G/A的核苷酸序列;

SNP‑11‑175529761,其含有如SEQ ID NO.26所示序列第255位的多态性为G/C的核苷酸序列;

SNP‑12‑38432972,其含有如SEQ ID NO.27所示序列第227位的多态性为C/G的核苷酸序列;

SNP‑12‑88588135,其含有如SEQ ID NO.28所示序列第253位的多态性为G/A的核苷酸序列;

SNP‑13‑180557942,其含有如SEQ ID NO.29所示序列第282位的多态性为T/C的核苷酸序列;

SNP‑14‑86914708,其含有如SEQ ID NO.30所示序列第224位的多态性为T/C的核苷酸序列;

SNP‑14‑87149383,其含有如SEQ ID NO.31所示序列第257位的多态性为G/T的核苷酸序列。

3.根据权利要求1或2所述的SNP分子标记,其特征在于,SNP‑1‑16341109的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,第290位的多态性为A/G;SNP‑1‑22551920的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,第286位的多态性为C/T;SNP‑1‑34038354的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示,第

254位的多态性为T/A;SNP‑1‑49052505的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示,第269位的多态性为A/G;SNP‑1‑110833857的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示,第284位的多态性为G/C;

SNP‑1‑115890029的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示,第253位的多态性为A/G;SNP‑1‑

188555309的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示,第246位的多态性为T/G;SNP‑2‑4697104的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示,第247位的多态性为T/A;SNP‑2‑102046792的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示,第288位的多态性为C/A;SNP‑3‑58564519的核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示,第265位的多态性为C/T;SNP‑4‑5589980的核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示,第252位的多态性为T/G;SNP‑5‑59238652的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示,第187位的多态性为G/C;SNP‑5‑135461353的核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示,第282位的多态性为T/C;SNP‑5‑

175443498的核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示,第272位的多态性为T/G;SNP‑6‑123202382的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示,第274位的多态性为A/C;SNP‑6‑125991240的核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示,第200位的多态性为T/C;SNP‑7‑134929316的核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示,第233位的多态性为T/C;SNP‑8‑37227126的核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示,第276位的多态性为C/T;SNP‑9‑10583849的核苷酸序列如SEQ ID NO.19所示,第259位的多态性为A/T;SNP‑9‑23224047的核苷酸序列如SEQ ID NO.20所示,第254位的多态性为T/C;

SNP‑9‑89305797的核苷酸序列如SEQ ID NO.21所示,第276位的多态性为T/C;SNP‑9‑

95564863的核苷酸序列如SEQ ID NO.22所示,第289位的多态性为G/T;SNP‑10‑146191194的核苷酸序列如SEQ ID NO.23所示,第240位的多态性为G/C;SNP‑11‑126349400的核苷酸序列如SEQ ID NO.24所示,第227位的多态性为C/T;SNP‑11‑150316502的核苷酸序列如SEQ ID NO.25所示,第238位的多态性为G/A;SNP‑11‑175529761的核苷酸序列如SEQ ID NO.26所示,第255位的多态性为G/C;SNP‑12‑38432972的核苷酸序列如SEQ ID NO.27所示,第227位的多态性为C/G;SNP‑12‑88588135的核苷酸序列如SEQ ID NO.28所示,第253位的多态性为G/A;SNP‑13‑180557942的核苷酸序列如SEQ ID NO.29所示,第282位的多态性为T/C;

SNP‑14‑86914708的核苷酸序列如SEQ ID NO.30所示,第224位的多态性为T/C;SNP‑14‑

87149383的核苷酸序列如SEQ ID NO.31所示,第257位的多态性为G/T。

4.用于检测权利要求1~3任一项所述的SNP分子标记的KASP引物组,其特征在于,所述引物组包括以下引物对中的一个或多个:SEQ ID NO.32‑34,SEQ ID NO.35‑37,SEQ ID NO.38‑40,SEQ ID NO.41‑43,SEQ ID NO.44‑46,SEQ ID NO.47‑49,SEQ ID NO.50‑52,SEQ ID NO.53‑55,SEQ ID NO.56‑58,SEQ ID NO.59‑61,SEQ ID NO.62‑64,SEQ ID NO.65‑67,SEQ ID NO.68‑70,SEQ ID NO.71‑73,SEQ ID NO.74‑76,SEQ ID NO.77‑79,SEQ ID NO.80‑

82,SEQ ID NO.83‑85,SEQ ID NO.86‑88,SEQ ID NO.89‑91,SEQ ID NO.92‑94,SEQ ID NO.95‑97,SEQ ID NO.98‑100,SEQ ID NO.101‑103,SEQ ID NO.104‑106,SEQ ID NO.107‑

109,SEQ ID NO.110‑112,SEQ ID NO.113‑115,SEQ ID NO.116‑118,SEQ ID NO.119‑121,SEQ ID NO.122‑124。

5.试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包含权利要求4所述的引物组。

6.DNA芯片,其特征在于,所述DNA芯片包含权利要求4所述的引物组。

7.权利要求1~3任一项所述的SNP分子标记或权利要求4所述的引物组或权利要求5所述的试剂盒或权利要求6所述的DNA芯片的以下任一种应用:(1)在鉴定油茶品种资源中的应用;

(2)在构建油茶品种DNA指纹图谱中的应用;

(3)在油茶品种分子身份证构建中的应用;

(4)在油茶种子或种苗的真实性或纯度检测中的应用;

(5)在油茶的品种溯源中的应用;

(6)在油茶的分子标记辅助育种中的应用。

8.油茶品种分子身份证的构建方法,其特征在于,所述方法包括:对油茶样品的基因组中权利要求1~3任一项所述的SNP分子标记的进行基因分型,根据基因分型结果,结合样品起源、资源类型和亚群分布构建油茶品种的分子身份证。

9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,所述基因分型的方法包括:以油茶样品的基因组DNA为模板,采用权利要求4所述的引物组进行PCR扩增,得到PCR扩增产物,对所述PCR扩增产物进行荧光检测,根据荧光类型确定SNP分子标记的基因分型。

10.一种鉴定油茶品种的方法,其特征在于,所述方法包括:对待鉴定油茶样品的基因组中权利要求1~3任一项所述的SNP分子标记的进行基因分型,根据基因分型结果,结合样品起源、资源类型和亚群分布判断油茶样品的品种。