1.一种检测筛查新冠病毒N439K突变的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒包括:两组RT‑RAA扩增引物:
RT‑RAA上游引物为:
5’‑GAAATTAATACGACTCACTATAGGGcgctccagggcaaactggaaagattgctg‑3’;
则RT‑RAA下游引物为:5’‑aaggtttgagattagacttcctaaacaatc‑3’;
或者:
RT‑RAA上游引物为:
5’‑cgctccagggcaaactggaaagattgctg‑3’;
则RT‑RAA下游引物为:5’‑aaggtttgagattagacttcctaaacaatc‑3’;
三种CRISPR特异性检测的crRNA:K1 crRNA :
5’‑ gauuuagacuaccccaaaaacgaaggggacuaaaacagaaucuuagaauuccaagcuauaacgc ‑3’;
P1 crRNA:
5’‑ gauuuagacuaccccaaaaacgaaggggacuaaaacagaauuuuagaauuccaagcuauaacgc‑3’;
B2 crRNA:
5’‑uaauuucuacuaaguguagauagaauuccaagcuauaacgc‑3’;
RNA荧光探针:
5’‑FAM‑mArArUrGrGrCmAmArArUrGrGrCmA‑BHQ1‑3’;
其中,m代表2位氧甲基修饰,r代表核糖核苷酸;
DNA荧光探针:
5’ ‑FAM‑TTATTATT‑BHQ1‑3’。
2.根据权利要求1所述的检测筛查新冠病毒N439K突变的试剂盒,其特征在于:还包括buffer A溶液和BufferB溶液;buffer A溶液配置方法为:向1L水中加入50mmol的Tris缓冲液,100nmol的醋酸钾,20g的聚乙二醇粉末和2mmol二硫苏糖醇;BufferB溶液为浓度为
280mM的醋酸镁溶液。
3.根据权利要求1所述的检测筛查新冠病毒N439K突变的试剂盒,其特征在于:还包括:HEPES缓冲液、MgCl2溶液、10×NEB buffer2.1缓冲液、RNase inhibitor、T7 RNA polymerase、无RNA酶水。
4.一种非诊断目的的检测筛查新冠病毒N439K突变的方法,其特征在于:包括下列步骤:
步骤1:将待检测样本浸入病毒保存液中,然后用RNA提取试剂盒进行核酸提取,得到待检核酸;
步骤2:向一容纳有蛋白酶冻干粉的反应管中,加入41.5μL的buffer A溶液,2μL的RT‑RAA上游引物,2μL的RT‑RAA下游引物以及2μL待检核酸,然后加2.5μL的BufferB溶液,盖上反应管的管盖后进行扩增反应,得到核酸扩增产物;
RT‑RAA上游引物为:
5’‑GAAATTAATACGACTCACTATAGGGcgctccagggcaaactggaaagattgctg‑3’;
则RT‑RAA下游引物为:5’‑aaggtttgagattagacttcctaaacaatc‑3’;
或者:
RT‑RAA上游引物为:
5’‑cgctccagggcaaactggaaagattgctg‑3’;
则RT‑RAA下游引物为:5’‑aaggtttgagattagacttcctaaacaatc‑3’;
步骤3:配置第一CRISPR反应混合液:将0.4μL的浓度为1M的HEPES缓冲液、0.18μL的浓度为1M的MgCl2溶液、0.8μL的浓度为10μM的rNTP mix、2μL的浓度为的63.2ng/μL的LwaCas13a、1μL的浓度为40 U/μL的RNase inhibitor、0.1μL的浓度为50 U/μL的T7 RNA polymerase、0.5μL的浓度为10ng/μL的K1 crRNA或P1 crRNA、0.2μL的浓度为100μM的RNA荧光探针和12.82μL的无RNA酶水混合;配置第二CRISPR反应混合液:将1μL的浓度为1μM的LbaCas12a、1μL的浓度为15ng/μL的B2 crRNA、2μL的10× NEB buffer2.1、0.1μL的浓度为
100μM的DNA荧光探针和12.9μL的无RNA酶水混合;
K1 crRNA:用于检测N439K‑G突变;
5’‑ gauuuagacuaccccaaaaacgaaggggacuaaaacagaaucuuagaauuccaagcuauaacgc ‑3’;
P1 crRNA:用于检测N439K‑A突变;
5’‑ gauuuagacuaccccaaaaacgaaggggacuaaaacagaauuuuagaauuccaagcuauaacgc‑3’;
B2 crRNA:用于检测N439K‑A突变;
5’‑uaauuucuacuaaguguagauagaauuccaagcuauaacgc‑3’;
RNA荧光探针:
5’‑FAM‑mArArUrGrGrCmAmArArUrGrGrCmA‑BHQ1‑3’ ;其中,m为2位氧甲基修饰,r为RNADNA荧光探针:
5’ ‑FAM‑TTATTATT‑BHQ1‑3’;
步骤4:取2μL步骤2得到的核酸扩增产物加入到步骤3配置得到的第一CRISPR反应混合液或第二CRISPR反应混合液,37℃孵育30分钟;通过下列方法进行判断:(1)、通过荧光定量PCR仪孵育并同时检测荧光,或直接水浴最后肉眼观察荧光变化;
(2)、在CRISPR反应孵育开始时使用qPCR仪器读取FAM通道下的荧光值,37℃孵育20个循环,每个循环间隔2分钟,每次循环结束记录一次荧光信号,通过最终荧光信号强度判断N439K检测结果,即荧光值大于3000代表N439K检测阳性,荧光值小于2000代表N439K检测阴性,若荧光值处于2000‑3000之间则重新检测一次,若荧光值依然为2000‑3000则判定N439K检测阳性;若现场无qPCR等荧光读取仪器,亦可等反应完成后将反应管置于激发波长为
485nm的透射光源下观察颜色变化确定检测结果;N439K检测阳性的反应管会发出黄绿色荧光,N439K检测阴性反应管则无荧光。
5.根据权利要求4所述的检测筛查新冠病毒N439K突变的方法,其特征在于:buffer A溶液配置方法为:向1L水中加入50mmol的Tris缓冲液,100nmol的醋酸钾,20g的聚乙二醇粉末和2mmol二硫苏糖醇; BufferB溶液为浓度为280mM的醋酸镁溶液。