1.一种利用叶绿体基因组大单拷贝区精准鉴别枫斗类石斛基源的方法，其特征在于：

包括以下步骤：

步骤1，DNA提取和测序，提取待测样本的总DNA，将得到的DNA样品进行高通量测序获取片段序列；

步骤2，叶绿体基因组拼接，将测序获得原始序列利用CLC Genomics Workbench 6.0.1软件进行修整，参数设为：error probability<0.05，将修整后的序列匹配到参考基因组上，测序深度大于80×的核苷酸位点用于提取consensus序列，从而获得各样本的叶绿体基因组序列；

步骤3，叶绿体基因组LSC序列获取及比对，从步骤2得到的待检样本叶绿体基因组序列中提取LSC序列，与标准参照个体的LSC序列和外类群物种的LSC序列进行多序列比对；

步骤4，聚类对比鉴定，对步骤3比对后获得的LSC序列矩阵进行手动校对，利用Gblocks v.0.91b软件，去除空缺和比对模糊区域，参数“allowed gap positions”设为“none”，其余参数设为默认值，然后利用MEGA 6.0软件对LSC序列矩阵构建NJ树，模型设为K2P距离模型，bootstrap循环设定为1000次；

步骤5，结果判定，构树完成后打开树文件，待检样本与其标准参照个体聚为一支，且支持率大于50％，枫斗类石斛中的各个物种均得以成功鉴定。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤1中选择待测样本的叶片或茎尖提取总DNA。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤2中所述参考基因组为霍山石斛叶绿体基因组，GenBank登录号LC490207。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤3和步骤5中所述标准参照个体是在枫斗类石斛的每个种选择一株开过花，并经专家对其花部形态特征进行鉴定，能够保证其种质正确无误的个体。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述枫斗类石斛基源包括霍山石斛、广东石斛、细茎石斛、西畴石斛、梵净山石斛、重唇石斛、铁皮石斛、曲茎石斛、钩状石斛、齿瓣石斛、杯鞘石斛、大包鞘石斛、肿节石斛、晶帽石斛、玫瑰石斛、束花石斛、罗河石斛、串珠石斛、美花石斛、报春石斛、兜唇石斛、喇叭唇石斛、梳唇石斛。