1.一种牡丹皮的转录组SSR分子标记引物对组合,其特征在于,包括以下10个引物对:引物对P1,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1和 SEQ ID NO.2所示;
引物对P2,其核苷酸序列如SEQ ID NO.3和 SEQ ID NO.4所示;
引物对P3,其核苷酸序列如SEQ ID NO.5和 SEQ ID NO.6所示;
引物对P4,其核苷酸序列如SEQ ID NO.7和 SEQ ID NO.8所示;
引物对P5,其核苷酸序列如SEQ ID NO.9和 SEQ ID NO.10所示;
引物对P6,其核苷酸序列如SEQ ID NO.11和 SEQ ID NO.12所示;
引物对P7,其核苷酸序列如SEQ ID NO.13和 SEQ ID NO.14所示;
引物对P8,其核苷酸序列如SEQ ID NO.15和 SEQ ID NO.16所示;
引物对P9,其核苷酸序列如SEQ ID NO.17和 SEQ ID NO.18所示;
引物对P10,其核苷酸序列如SEQ ID NO.19和 SEQ ID NO.20所示;
所述牡丹皮的品种为单瓣红、重瓣红、凤丹、赵粉、葛巾紫、丁香紫、大棕紫、萍实艳、海黄、姚黄、洛阳锦、黑牡丹、白牡丹。
2.权利要求1所述一种牡丹皮的转录组SSR分子标记引物对组合在牡丹皮的品种鉴定和品质评价中的应用;所述牡丹皮的品种为单瓣红、重瓣红、凤丹、赵粉、葛巾紫、丁香紫、大棕紫、萍实艳、海黄、姚黄、洛阳锦、黑牡丹、白牡丹。
3.权利要求1所述一种牡丹皮的转录组SSR分子标记引物对组合的筛选方法,其特征在于,具体步骤如下:(1)提取新鲜牡丹皮样品RNA,构建牡丹皮转录组文库并进行测序分析,获得牡丹皮转录组序列,并用Trinity软件对转录本进行拼接得到Unigene;
(2)Unigene功能注释使用BLAST软件将Unigene序列与NR、Swiss‑Prot、GO、COG、KOG、eggNOG4.5、KEGG数据库比对,使用KOBAS2.0得到Unigene在KEGG中的KEGG Orthology结果,预测完Unigene的氨基酸序列之后使用HMMER软件与Pfam数据库比对,获得Unigene的注释信息,得到参与牡丹皮中丹皮酚、芍药苷、没食子酸的生物合成通路中的功能基因或片段,独立建成功能基因数据库;
(3)使用MISA软件对功能基因数据库中核苷酸长度大于1000 bp的Unigene进行SSR位点的筛选和分析,从得到的总SSR中再设置条件进行筛选,筛选标准:二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸最少重复次数分别为 9、6、5、4、4;
(4)采用Primer 5软件设计SSR引物,引物设计参数为引物长度为 18~25bp;PCR 扩增产物长度为 100~400 bp;GC 含量为40%~60%;
(5)对步骤(4)所设计的引物在不同牡丹皮样本中进行可扩增性和通用性鉴定,得到在不同品种牡丹皮中具有可扩增性和通用性的上述SSR分子标记引物对组合。