1.一种基于家蚕组织样品进行大规模蛋白质组学鉴定的方法,其特征在于,包括如下步骤:(1)家蚕蛋白质组学样品前处理:取家蚕脂肪体,加入100 mM DTT /8 M尿素溶液,样品放在冰上,利用G50组织研磨器对样品进行研磨,使样品充分溶解,离心收集上清液;上清液用FASP酶解方法对样品进行酶解,利用高pH分级方法将肽段分成8级,利用真空冷冻干燥仪将各组分冻干;
所述利用高pH分级方法将肽段分成8级具体为:
1)从旋转柱底部取下白色塑料套,将旋转柱放在离心管中;
2)5000 g离心2min,除去旋转柱中溶液;
3)取下旋转柱顶端红色帽子,将300 μL乙腈加载到旋转柱中,盖上红色帽子后,再把旋转柱放到离心管中,置于离心机中5000 g离心2min,清洗柱子并除去乙腈;
4)再用300 μL体积分数为0.1%的三氟乙酸洗旋转柱两次;
5)冻干的肽段样品中加入300 μL体积分数为0.1%的三氟乙酸溶液,涡旋30 s以溶解肽段;
6)将旋转柱置于新的离心管中,将样品加载到柱中,盖上红色盖子后,置于离心机3000 g离心2 min,离心管中即为流穿;
7)将旋转柱放到新的离心管中,加超纯水,3000 g离心2min后即为洗涤液;
8)配置管号1 管号8的洗脱溶液,将旋转柱放到新离心管中,加入管号1的洗脱液,盖上~红色盖子后,3000 g离心2min;
所述管号1 管号8的洗脱溶液具体如下:
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管号1:乙腈50μL,0.1% 三氟乙酸950μL;管号2:75μL,0.1% 三氟乙酸925μL;管号3:乙腈100μL,0.1% 三氟乙酸900μL;管号4:乙腈125μL,0.1% 三氟乙酸875μL;管号5:乙腈150μL,0.1% 三氟乙酸850μL;管号6:乙腈175μL,0.1% 三氟乙酸825μL;管号7:乙腈200μL,0.1% 三氟乙酸800μL;管号8:乙腈500μL,0.1% 三氟乙酸500μL;
9)收集洗脱液于离心管中,打开红色帽子,向旋转柱中加入管号为2中的溶液300 μL;
10)按照8)、9)步骤,依次加入管号3 管号8的洗脱溶液,收集不同梯度洗脱液于8个离~心管中;
(2)分级肽段质谱上机检测:将每级肽段分别加入50 μL体积分数为 0.1%的甲酸水溶解,上样量为8 μL,有效色谱梯度时间为120 min;
(3)家蚕蛋白质组学数据库:利用90%阈值对NCBI、SilkDB、Silkworm和Uniprot 4个家蚕蛋白质数据库的冗余序列进行去除,得到数据库Streamline,原始数据采用MaxQuant进行搜库。
2.根据权利要求1所述一种基于家蚕组织样品进行大规模蛋白质组学鉴定的方法,其特征在于:步骤1)中,100 mM DTT /8 M尿素溶液加入量按每毫克家蚕脂肪体加入200μL100 mM DTT /8 M尿素溶液;研磨时间为3 min;所述充分溶解为水平震荡器振荡5 min;所述离心为12000 g,25℃离心15 min。
3.根据权利要求1所述一种基于家蚕组织样品进行大规模蛋白质组学鉴定的方法,其特征在于,所述FASP酶解方法对样品进行酶解具体为: 1)将样品加入10 kDa超滤管中,加入8 M尿素溶液,混匀后置于离心机12000 g,离心
20 min;
2)再加入8 M尿素,12000 g,离心20 min;
3)重复步骤2)两次;
4)加入1 M DTT/8 M尿素溶液,管口用封口膜密封,置于37℃孵育2 h;
5)撕开封口膜,加入1 M 碘乙酰胺溶液,混匀后,避光孵育1 h;
6)12000 g离心20 min;
7)加入8 M尿素溶液,混匀后12000 g离心20 min;
8)重复步骤7)两次;
9)加入50 mM NH4HCO3溶液,12000 g离心20 min;
10)重复步骤9)三次;
11)将超滤管的外管更换成新外管,防止污染;
12)在超滤管中加入400μL 10 μg/mL胰蛋白酶溶液,管口用封口膜密封,置于37℃恒温培养箱中孵育36 h,将蛋白酶解成肽段;
13)撕掉封口膜,12000 g离心20 min;
14)在超滤管中加入40 μL 50mM NH4HCO3溶液,12000 g离心20 min;
15)4℃冷冻浓缩至样品完全干燥。
4.根据权利要求1所述一种基于家蚕组织样品进行大规模蛋白质组学鉴定的方法,其特征在于,分级肽段质谱上机检测具体为:每个组分肽段分别加入体积分数为0.1%的甲酸水后振荡30 s溶解, 12000 g离心10 min;吸上清于上样瓶中,采用Thermo Fisher Scientific EASY-nLC 1000纳升级流速系统进行肽段的分离,平衡预柱的体积为10 μL,流速为3.5 μL/min,平衡分析柱的体积为5 μL,流速为0.25 μL/min;上样量为8 μL,吸样流速为8 μL/min,使用3.5 μL/min的流速将18 μL体积分数为0.1%的甲酸水推入预柱和分析柱中,用梯度体积分数为0.1%的甲酸乙腈溶液进行肽段分离,流速为250 nL/min;有效色谱梯度时间为120 min梯度,用100 μL体积分数为
0.1%的甲酸乙腈清洗自动上样环;
采用Q Exactive质谱仪进行检测,检测时间为0-140 min,喷雾电压为2.3 kV,离子传输管温度为275℃,离子模式为正离子模式,默认电荷为两个,全扫的分辨率为70000,AGC target为1e6,Maximum IT为 20 ms,扫描范围为300到1800 m/z,二级扫描分辨率为17500,AGC target为1e5,Maximum IT为 60 ms,采用Top 10原则采集数据,动态排除时间设置为
30 s;
质谱环境温度为22℃,除湿机控制质谱工作环境空气湿度为50%。