本发明公开了一种异养硝化复合菌剂及其应用,该复合菌剂由副球菌LJ2、假单胞菌YG8和假单胞菌LJ9的种子液复配而成,副球菌LJ2、假单胞菌YG8和假单胞菌LJ9种子液的体积比为2.5~2.7∶1.0~1.2∶1.2~1.4。该复合菌剂耐受C/N范围为0‑200,在此范围内其NH4+‑N去除率高于93.0%,可适应较高浓度有机物。且该复合菌剂可耐受NH4+‑N浓度0‑500mg·L‑1,相比组成该复合菌剂的纯菌株具有更高的耐受NH4+‑N能力,且NH4+‑N去除率都高于60.0%,说明本发明的异养硝化复合菌剂耐受NH4+‑N能力较高,可适应较高浓度有机物,能够快速高效地完成异养硝化过程。