本发明提供了一种用于鱼饲养的微生物活菌剂,包括复合微生物菌粉剂A和复合微生物菌粉剂B,复合微生物菌粉剂A由以下重量份的组分制成:A菌剂65‑75份、海藻酸钠8‑12份、聚乙烯醇8‑12份、干燥剂5‑10份,其中A菌剂由以下重量份的组分混合制成:乳酸菌20‑30份、酵母菌6‑12份、光合细菌4‑8份、复合芽孢杆菌10‑18份、放线菌7‑13份、纤维素酶20‑30份、蛋白酶15‑28份、植物乳杆菌18‑25份;所述复合微生物菌粉剂B由以下重量份的组分制成:B菌剂65‑75份、微量元素2‑10份、硅藻土10‑20份、干燥剂5‑10份,其中B菌剂由以下重量份的组分混合制成:反硝化脱硫菌8‑15份,硝化菌8‑15份,圆褐固氮菌15‑25份,沸石粉25‑40份,木聚糖酶15‑20份。该微生物活菌剂能有效改善水质,提高饲养鱼生活环境,降低死亡率。