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专利号: 202410144729X
申请人: 西南大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2026-06-16
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种miRNA靶标集成自动分析方法,其特征在于,包括以下步骤:

Step 1:从NCBI、UCSC等在线数据库下载目标物种的全基因组序列文件和基因组注释文件,全基因组序列文件为Fasta格式,基因组注释文件为GFF/GTF格式;

Step 2:从miRbase、MicroRNAdb、RNACentral在线数据库下载目标物种的miRNA,文件为Fasta格式;

Step 3:利用基因组注释文件从全基因组序列文件提取出外显子;

Step 4:从外显子文件中提取出5’UTR、3’UTR和CDS;

Step 5:以miRanda、PITA、RNAhybrid、TarP、TargetScan五款软件作为miRNA靶标自动分析的核心;

Step 6:将Step2中下载的miRNA文件和Step 4中提取的3’UTR/5’UTR/CDS文件作为输入文件输入,且根据Step 5中所选择软件设置对应的参数并运行;

Step 7:程序运行结束后,在输出文件夹内获取潜在靶基因文件、潜在靶基因交集文件、韦恩图和靶位点结合预测图进行进一步分析;用户挑选miRNA候选靶基因,进入下一步生物实验验证;

所述miRNA靶标集成自动分析方法可对任意物种进行靶基因预测分析;

所述TarP的系统的运行包括以下程序:

(1)将miRNA文件及其潜在靶基因文件分别作为输入单元;

(2)提取步骤(1)中两个分别来自miRNA文件和靶基因文件的输入单元组成一个预测单元;

(3)设置移动量和跳过数,根据移动量和跳过数并基于多态式碱基组合拆分成多个比对单元,比对并生成输出单元,采用评分系统和能量分数系统计算并分析每个输出单元的评分和能量分数,根据评分和能量分数筛选合适的潜在靶基因,格式化输出。

2.一种计算机程序产品TarPShell,包括计算机程序,其特征在于,该计算机程序被处理器执行时实现权利要求1所述miRNA靶标集成自动分析方法的步骤。

3.根据权利要求2所述的计算机程序产品TarPShell,其特征在于,所述计算机程序产品TarPShell封装了五款靶基因预测软件miRanda、RNAhybrid、PITA、TargetScan及TarP作为核心分析模块。

4.根据权利要求2所述的计算机程序产品TarPShell,其特征在于,所述计算机程序产品TarPShell,提供了可视化的操作界面和结果界面,无需在命令终端操作。

5.根据权利要求2所述的计算机程序产品TarPShell,其特征在于,所述计算机程序产品TarPShell,基于靶基因预测结果提供了靶位点结合图生成功能和基于Python语言的外源pyvenn包提供了Venn图绘制功能。

6.根据权利要求2所述的计算机程序产品TarPShell,其特征在于,所述计算机程序产品TarPShell,以Python语言为开发语言,适用于Linux操作系统,无网络需求。

7.根据权利要求2所述的计算机程序产品TarPShell,其特征在于,所述计算机程序产品TarPShell,利用Tkinter模块实现图形用户界面,利用Threading模块实现多任务并行的运行方式。