1.一种促进FTO高表达的NPM1突变白血病细胞细胞凋亡的方法,其特征在于,所述方法通过阻滞FTO高表达的NPM1突变白血病细胞于G2/M细胞周期来促进凋亡,包括以下步骤:(1)分析NPM1突变白血病患者中m6A去甲基化酶的表达水平,筛选出FTO基因和蛋白水平相对高表达的NPM1突变型OCI‑AML3细胞系;
(2)用靶向FTO基因的shRNA慢病毒载体感染所述OCI‑AML3细胞系,使所述OCI‑AML3细胞系中的FTO基因被敲低,进而使所述OCI‑AML3细胞阻滞在有丝分裂的G2/M期,随后发生凋亡,所述靶向FTO基因的shRNA序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示;或者,(3)使用50 μM 或100 μM甲氯芬酸钠处理所述OCI‑AML3细胞系24 h,所述甲氯芬酸钠使所述OCI‑AML3细胞阻滞在有丝分裂的G2/M期,随后发生凋亡。
2.按照权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤(1)中分析检测NPM1突变白血病患者中m6A去甲基化酶的表达水平的具体操作如下:从肿瘤基因数据库TCGA中获取AML样本的RNA‑seq数据,从GSE14468和GSE15434两个数据集中获取AML样本的基因表达芯片数据,然后采用t检验方法来比较NPM1突变AML和非NPM1突变AML之间FTO基因水平表达的差异,筛选出FTO基因和蛋白水平相对高表达的NPM1突变型OCI‑AML3细胞系。
3.按照权利要求2所述的方法,其特征在于,步骤(1)进一步利用实时荧光定量PCR和蛋白质印迹法检测所述NPM1突变型OCI‑AML3细胞系中FTO表达水平,具体操作如下:qRT‑PCR检测FTO基因表达水平:
(1)收集对数生长期的细胞,用RNA提取试剂提取细胞总RNA;
(2)逆转录:
配置体积为20 μL的如下体系:
5×PrimeScript RT Master Mix 4 μL
Total RNA 1 μg
RNase Free ddH2O 达到20 μL
反应条件:37 ℃×15 min,85 ℃×5 s,4 ℃ 冷却,cDNA 于‑40 ℃ 保存;
(3)qRT‑PCR:
配置体积为10μL的如下体系:
cDNA 1.0
TB Green™ Premix Ex Taq™ II (Tli RNaseH Plus) 5.0Forward primer 0.4
Reverse primer 0.4
ddH2O 3.2
qRT‑PCR反应条件:第一阶段,95 °C 预变性30 s;第二阶段,95 °C 变性5 s,58 °C 退火30 s,72 °C充分延伸20 s,采集荧光,循环39次;融解曲线条件:(65 °C 95 °C)每上升~–ΔΔCt
0.5 °C 采集1次荧光;以β‑actin为内参,相对定量值结果采用2 计算;qRT‑PCR引物序列如SEQ ID No.3‑ SEQ ID No.6所示;
(4)蛋白质印迹法检测FTO蛋白表达水平:
蛋白质提取:收集对数生长期的细胞,用预冷的PBS洗涤3次,3,000 rpm×3 min;留取细胞沉淀,加入沉淀量两倍体积的含有蛋白酶抑制剂的RIPA 蛋白质裂解液,充分震荡混匀;冰上裂解细胞30 min,每5 min涡旋振荡一次,重复6次,13,300 rpm×30 min,4 °C离心;吸取上清溶液至预冷的新EP管中,BCA法检测蛋白质浓度,剩余蛋白样品加入5×loading buffer,煮沸变性后于−80 °C保存;
SDS‑PAGE凝胶电泳:配制12%的分离胶和5%的浓缩胶,缓慢匀速灌胶后,在凝胶表层缓慢加入适量无水乙醇,37 °C静置30 min;弃去无水乙醇,在完全凝固的分离胶上层灌入配好的5% 的浓缩胶,并插上齿梳,37 °C静置30 min;小心拔出齿梳,加入1×SDS电泳缓冲液覆盖加样孔;向加样孔中加入50 μg变性的蛋白样品,同时在样本两侧的孔中加入蛋白marker作为分子量参照;在玻璃板内灌满电泳缓冲液后,按照二步法电泳分离蛋白:第一步,电压80 V,电流150 mA,30 min;第二步,电泳120 V,电流200 mA,60 90 min;
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转膜:待电泳结束后,首先根据待测蛋白分子量大小,切取适当凝胶并剪裁与之匹配的聚偏二氟乙烯膜,将切取的凝胶浸泡在预冷的湿转缓冲液中,将裁剪好的聚偏二氟乙烯膜置于甲醇中浸泡15 s,蒸馏水洗涤 2 min;然后将聚偏二氟乙烯膜和滤纸片浸泡在预冷的湿转缓冲液中; 最后由正极向负极方向依次安放海绵、滤纸、聚偏二氟乙烯膜和凝胶,以
210 mA的恒流电泳转膜;
封闭:转膜结束后,将聚偏二氟乙烯膜放入5% 的蛋白封闭液中,室温封闭2 h;
抗体孵育:首先,用TBST清洗膜上残留的封闭液;用定性滤纸吸干膜上残留液体后,将膜置于蜡板上,加入预先稀释好的一抗工作液均匀覆盖聚偏二氟乙烯膜,4 °C孵育过夜;回收一抗工作液后,将聚偏二氟乙烯膜放入TBST中洗涤3次,每次 10 min;最后,加入预先稀释好的辣根过氧化物酶标记二抗于聚偏二氟乙烯膜上,室温孵育1 h,TBST 洗涤3次,每次
10 min;
显色及成像:暗室内,将聚偏二氟乙烯膜置于化学发光板上,然后加入预先配置的化学发光试剂均匀覆盖聚偏二氟乙烯膜,于成像系统中显示成像。
4.按照权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤(2)用靶向FTO基因的shRNA慢病毒载体感染所述OCI‑AML3细胞系的具体操作如下:(1)合成靶向敲低FTO基因的shRNA序列;
(2)慢病毒感染细胞并筛选出稳转的细胞株:首先,收集对数生长期的OCI‑AML3细胞接
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种于新的24孔板中,保证密度为每孔1×10个细胞;随后,每孔加入25 60 μL滴度为1×10 ~TU/mL的病毒液和20 μL HitransG P,并利用细胞培养液将每孔细胞悬液配至500 μL,充分混匀;于37 ℃、5% CO2培养箱中培养48~72小时后,观察细胞状态和荧光强度,并更换培养皿及新鲜培养基;最后,待感染效率达80%时,加2 μg/mL嘌呤霉素筛选7 14天后即可获得稳~转细胞株,并继续扩大培养,用于后续试验。
5.按照权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤(2)进一步采用m6A斑点法检测所述OCI‑AML3细胞中m6a水平,具体操作如下:(1)RNA稀释及变性:将RNA样本的浓度用RNase free双蒸水分别稀释至200 ng/μL、100 ng/μL、50 ng/μL;稀释过的RNA样本95 °C 变性3 min,随后立即置于冰上;
(2)RNA点样:剪裁Hybond‑N+膜,移液枪吸取2 μL变性过的RNA样本并点于膜上形成一个圆形;待膜干燥,置于紫外灯下照射数秒以促进RNA交联于膜上;
(3)封闭:将Hybond‑N+膜放入5% 的蛋白封闭液中,室温封闭2 h;
(4)抗体孵育:首先,用PBST清洗膜上残留的封闭液;用定性滤纸吸干膜上残留液体后,将膜置于蜡板上,加入预先稀释好的m6A一抗工作液均匀覆盖Hybond‑N+膜,4 °C孵育过夜;
回收一抗工作液后,将Hybond‑N+膜放入PBST中洗涤3次,每次 10 min;最后,加入预先稀释好的辣根过氧化物酶标记二抗于Hybond‑N+膜上,室温孵育1 h,PBST 洗涤3次,每次 10 min;
(5)显色及成像:暗室内,将Hybond‑N+膜置于化学发光板上,然后加入预先配置的化学发光试剂均匀覆盖偏二氟乙烯膜,于成像系统中显示成像。
6.按照权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤(2)进一步用活细胞计数试剂盒检测存活细胞数并绘制细胞增殖曲线,具体操作如下:4
收集各组细胞, 以每孔1.5×10个细胞数接种于96孔板中, 每组设置5个复孔,同时设立空白对照,于孵箱中继续培养;培养第0、24 h、48 h和72 h时每孔加入10 μL CCK‑8试剂,混匀后继续培养3 h;于450 nm波长下检测吸光度OD值, 以OD450值为纵坐标、培养时间为横坐标来绘制细胞增殖曲线。
7.按照权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤(2)进一步利用5‑乙炔基‑2‑脱氧尿苷细胞增殖试剂盒检测细胞体外增值能力,具体操作如下:6
收集各组细胞,以每孔1.0×10个细胞数接种于6孔板中,用10 μM EdU工作液于37 ℃、
5% CO2培养箱中处理细胞3 h;收集EdU标记的细胞,用预冷的PBS洗涤3次,3,000 rpm×3 min;然后,加入适量PBS重悬沉淀制成细胞悬液,并均匀涂布于盖玻片表面,室温下干燥;4% 多聚甲醛室温固定细胞15 min后,PBS清洗3次,5 min/次;用0.1% Triton X‑100室温透膜处理20 min,重复PBS清洗步骤;按说明书配制Click反应液,每孔加入0.5 mL Click反应液,轻轻摇匀后室温避光孵育30 min;随后步骤均要避光完成,吸除Click反应液,重复PBS清洗步骤,每孔加入0.5 mL DAPI染液,室温孵育30 min;重复PBS清洗步骤并封片,4 ℃ 保存备用。
8.按照权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤(2)进一步利用流式细胞术观察验证细胞周期和凋亡改变,具体操作如下:FCM实验检测细胞周期:收集各组细胞,用预冷的PBS洗涤3次,1,500 rpm×5 min;留取细胞沉淀,加入500 μL 75% 乙醇固定细胞,4 ℃ 过夜;弃去上清,加入100 μL RNase A,37 °C避光孵育30 min;弃去上清,加入400 μL PI,4 °C避光孵育30 min,反应完成后立即上机检测;
FCM实验检测细胞凋亡:收集各组细胞,用预冷的PBS洗涤3次,1,500 rpm×5 min;取55
×10 个PBS重悬的细胞,300 g×5 min,弃上清后加入500 μL稀释的1×Annexin V Binding Buffer工作液重悬细胞;细胞悬液中加入5 μL的Annexin V‑APC和5 μL的DAPI染液,轻柔涡旋混匀后,室温避光孵育15 min,反应完成后立即上机检测。