1.暗纹东方鲀SNP分子标记,其特征在于,包括体重、标准头长相关的SNP分子标记TGF120和与抗寒能力相关的SNP分子标记CIRP41,它们所在碱基序列分别如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示,所述TGF120位于SEQ ID NO:1所示序列的第120位m,碱基为C或A,所述CIRP41位于SEQ ID NO:2所示序列的第41位y,碱基为A或T。
2.用于检测权利要求1所述的SNP分子标记的特异性PCR引物,其特征在于,包括正向引物、反向引物,其碱基序列分别为:适用于TGF120的正向引物:5′-GCATAGCTCCTCAGGGTA-3′;
适用于TGF120的反向引物:5′-CGGTAGATTAAGTTAAGTTCC-3′;
适用于CIRP41的正向引物:5′-AAAGTAGGTCACTGGTGC-3′;
适用于CIRP41的反向引物:5′-CCCGTCTGTATTTGTTATG-3′。
3.用于检测权利要求1所述的SNP分子标记的试剂盒,其特征在于,包括权利要求2所述的特异性引物。
4.权利要求1所述的SNP分子标记在检测或辅助检测暗纹东方鲀的遗传育种质量中的应用,其特征在于,包括以下步骤:
1)提取待测暗纹东方鲀的基因组DNA;
2)利用权利要求2所述的特异性引物或权利要求3所述的试剂盒进行PCR扩增;
3)检测PCR扩增产物SNP位点TGF120的碱基型是CC、AA还是CA,和/或检测SNP位点CIRP41的碱基型是TT、AA还是TA;
4)选择SNP TGF120位点的CC型个体和/或SNP CIRP41位点AA型个体用作育种亲本。
5.根据权利要求4所述应用,其特征在于,所述PCR扩增的反应体系为20μL:Master Mix
10μL,正反向引物各0.8μL,DNA模板1μL,灭菌水7.4μL;PCR反应共计35个循环,包括95℃预变性5min,每个循环包括95℃变性30s,60℃褪火30s,72℃延伸30s;循环结束后于72℃延伸
5min。
6.一种暗纹东方鲀遗传质量判断系统,其特征在于,包括:
SNP信息选择模块,用于提供查看和选择SNP信息及SNP扩增必要引物的功能,所述SNP信息包括如权利要求1所述的TGF120标记和CIRP41标记的SNP名称、SNP功能,所述SNP扩增必要引物包括如权利要求2所述的正向引物序列和反向引物序列;
SNP判断模块,用于根据对待测个体进行扩增测序后所得的SNP标记碱基型,判断所述个体在该SNP位点的遗传质量等级;
输出模块,用于输出SNP判断模块的判断结果。
7.根据权利要求6所述的暗纹东方鲀遗传质量判断系统,其特征在于,所述SNP判断模块对于SNPg.120C>A位点碱基为CC型个体,判断遗传质量为较好GOOD,为AA型判断遗传质量为较差BAD,为AC型判断遗传质量为一般NORMAL;对于SNP位点SNPg.41A>T碱基呈现AA型个体,判断遗传质量为较好GOOD,呈TT型判断遗传质量为较差BAD,呈AT型判断遗传质量为一般NORMAL。
8.根据权利要求6所述的暗纹东方鲀遗传质量判断系统,其特征在于,还包括:SNP录入模块,用于添加SNP分子标记生物信息,包括SNP名称、SNP功能、正向引物序列和反向引物序列、碱基型所关联的性状。
9.根据权利要求6-8中任一项所述的暗纹东方鲀遗传质量判断系统,其特征在于,所述系统由Matlab软件实现。
10.权利要求6-8中任一项所述的暗纹东方鲀遗传质量判断系统的应用,其特征在于,包括以下步骤:
1)提取待测暗纹东方鲀的基因组DNA;
2)根据需求从系统调取对应标记的引物信息进行合成;
3)进行PCR扩增和测序,得到待测亲本对应位点的碱基型;
4)根据得到的碱基型点击系统中对应标记的对应碱基型按钮,从显示框得到判断结果。