利索能及
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专利号: 201810468630X
申请人: 湖南农业大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2025-10-14
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种烟草线粒体RNA编辑位点高精度预测方法,其特征在于,包括以下步骤:

1)从NCBI数据库中下载拟南芥、欧洲油菜和稻三个样本的线粒体全基因组序列保存为fasta格式,根据RNA编辑的最新注释,提取位点信息;融合烟草ATP合酶上的atp9,atp6,orf25,orfB,atp1五个目的基因的DNA序列和cDNA序列比对得到的编辑位点数据共同组成数据集;

2)从三个样本的线粒体全基因组的fasta格式文件中根据注释信息提取正样本和参考REGAL中的负样本信息,从线粒体基因组中得到负样本;

3)在正样本第一列添加y值1,负样本第一列添加y值0,将添加y值后的正、负样本组合在一起,再将组合好的样本全部随机打乱,从随机打乱后的样本数据中取60%作为训练集,剩余40%作为测试集,得到6:4的样本比例;同样的方法从随机打乱后的样本数据中得到剩余5:5、7:3、8:2和9:1四种比例;

4)选用6:4比例的样本集,对下表中的七组特征进行SVC独立测试,确定最优特征;

5)针对最优特征,对训练集-测试集按照9:1、8:2、7:3、6:4、5:5进行分类,基于高维特征快速非线性汰选方法对五种比例的训练集-测试集中的训练集进行高维特征筛选;

6)基于高维特征筛选后保留的有效特征,利用SVC分别对测试集和验证集进行独立预测;所述验证集是指:由烟草线粒体ATP酶上5个亚基的编辑位点信息构建的36个新的正样本,从烟草线粒体上随机取30个以C为中心的501bp窗口长度的样本为新的负样本,对新的正样本和负样本分别添加y值组成验证集。

2.根据权利要求1所述的烟草线粒体RNA编辑位点高精度预测方法,其特征在于,步骤

2)中,正样本的提取过程为:将fasta格式文件导入matlab提取正样本。

3.根据权利要求1所述的烟草线粒体RNA编辑位点高精度预测方法,其特征在于,步骤

2)中,负样本的提取过程为:将41bp的REGAL样本数据导入matlab,将样本数据与相应样本线粒体全基因组fasta数据进行比对,找到41bp窗口长度样本所在的位置,前后取相应bp的长度,得到以C为中点,最终501bp窗口长度数据作为负样本。