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专利号: 2017107263321
申请人: 西南大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2026-06-16
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种家蚕基因的分子克隆与鉴定方法,其特征在于,所述家蚕基因的序列为SEQ ID NO:1;命名为BmDHODH;

所述家蚕基因的分子克隆与鉴定方法包括以下步骤:步骤一,RNA提取,使用TRIZOL试剂提取总RNA;

步骤二,使用基于家蚕基因组,EST数据库,CDS数据库和Bombyx mori预测蛋白质数据库的生物信息学方法鉴定BmDHODH;

步骤三,根据SilkDB中预测的CDS和EST序列,设计引物,通过PCR获得BmDHODH的片段;

使用GeneRacerTM试剂盒与基因特异性引物进行3'和5'RNA连接酶介导的cDNA末端快速扩增以获得其全长cDNA;通过PCR证实所有的开放阅读框;所有PCR产物克隆到PMD19‑T简单载体中,并进行测序;

所述引物为:

BmDHODH‑qR T‑F GGCTTCAACAGCATAGGGCBmDHQDH‑qR T‑R CAGCCACATCCGAGAACTTTT步骤四,用ORF Finder软件确定BmDHODH在家蚕中的ORF;信号肽由SignalP4.0推测;使用SMART预测该域;使用ClustalX程序对BmDHODH的氨基酸序列进行比对,并使用MEGA 6.0程序通过邻接连接方法构建了BmDHODH的系统发生树,并用1000次引导重复;

步骤五,通过PCR扩增长度473、460和394bp的三个DNA片段;引物列于MEGAScriptTM RNAi试剂盒合成dsRNA,PCR产物作为模板;通过1%琼脂糖凝胶电泳产生三组dsRNA,采用分光光度法检测dsRNA的浓度;

所述引物为:

dsRNA#1dsRNA#1‑F GTAATACGACTCACTATAGGGAGAACAACTACAATGTCGCAGAAdsRNA#1‑R GTAATACGACTCACTATAGGGAGA TTCGTCGTGCCCTATGCTdsRNA#2dsRNA#2‑F GTAATACGACTCACTATAGGGAGA TCGACAAGCACGGAGACdsRNA#2‑R GTAATACGACTCACTATAGGGAGAAGCCAGTTTGAGGAGCAGdsRed dsRedF GTAATACGACTCACTATAGGGAGAATGG TGAGCAAGGGCGAdsRedR GTAATACGACTCACTATAGGGAGA TTACTTGTACAGCTCGTCCATG步骤六,6天孵育后,细胞从胚胎块移动,收集悬浮细胞,用补充有20%FBS的3ml Grace's培养基再培养;再培养6个月后,细胞成功分化培养;前5代传代培养的时间间隔为

30天,比例为1:2,然后变为10天,细胞以5天的间隔成功地传代培养60代;

步骤七,来氟米特以200mM储备溶液溶于二甲基亚砜,用来氟米特处理BmE‑SWU3细胞96小时;通过台盼蓝排除实验分析细胞存活;转染前一天,用新鲜培养基稀释细胞,并将2×5

10个细胞接种到24孔培养板中;使用TransMessengerTM转染试剂进行使用dsRNA的无血清转染;

步骤八,用(3‑(4,5‑二甲基噻唑‑2‑基)‑2,5‑二苯基)溴化四唑测定评价细胞增殖活3

性;将细胞以每孔8×10 细胞的密度接种到96孔板中,测量增殖率;用微板读数器在560nm处测量吸光度值;

步骤九,用10μM胸苷类似物5‑溴‑2‑脱氧尿苷处理2小时后,将细胞与针对BrdU的原代大鼠抗体孵育2小时,加入二抗加入1小时,加入300nM DAPI进行复染;将细胞安装在荧光安装介质中,并使用具有Image‑Pro Plus软件的尼康显微镜进行图像分析;

步骤十,当细胞达到80%汇合时进行细胞周期分析,细胞接种在6孔培养板中并用100μM来氟米特或DMSO处理;处理96h后,将细胞固定在70%乙醇中,用碘化丙啶染色;细胞通过FACScan仪器,并通过CellQuest分析软件分析数据;

步骤十一,用RIPA裂解缓冲液分离的蛋白质提取物用相应的凝胶浓度的SDS‑PAGE分级,抗BmDHODH抗体和抗微管蛋白抗体购自Beyotime;

步骤十二,使用TRIzol Reagent提取总RNA,将每个样品的2μg RNA反向转录,并扩增得到的cDNA;在94℃5分钟内进行RT‑PCR扩增;使用Quantitiy One软件计算BmDHODH和管家基因actin3 mRNA表达的值;

步骤十三,使用StepOnePlusTM实时PCR系统,用SYBR Premix Ex TaqTMII进行定量实时PCR;

步骤十四,统计分析,结果以平均值±S.D;通过双尾t检验确定实验组之间的差异。

2.如权利要求1所述的家蚕基因的分子克隆与鉴定方法,其特征在于,所述步骤一中使用无RNA酶的DNA酶I在37℃消化残留的基因组DNA 30分钟后,使用M‑MLV反向的20μL反应混合物中的2μg总RNA合成第一链cDNA转录酶,储存在‑20℃。

3.如权利要求1所述的家蚕基因的分子克隆与鉴定方法,其特征在于,所述步骤十二中RT‑PCR扩增,94℃30秒,55.5℃30秒,72℃1分钟,72℃延伸10分钟30个循环。

4.如权利要求1所述的家蚕基因的分子克隆与鉴定方法,其特征在于,所述步骤十三中PCR条件为95℃30秒,随后40个循环,95℃5秒,60℃30秒。