本发明公开了一种控温微生物燃料电池,包括电池本体和离子交换膜,所述离子交换膜设置于所述电池本体中部并将所述电池本体分为阳极室和阴极室,所述阳极室内设置有阳极体,所述阴极室内设置有阴极体并且所述阴极室上端设置开口,所述阳极体接种厌氧微生物,阴极体接种好氧微生物或不接种微生物,所述阳极体和所述阴极体通过外电阻连接形成闭合回路,所述阳极体和所述阴极体均连接有控温系统,所述控温系统包括直流电源、温度控制器和温度传感器。本发明能够迅速调控微生物燃料电池阳极体和阴极体表面的温度,提高微生物的生物活性,加速阴极体上电子受体的还原反应,从而提高微生物燃料电池的性能,其结构简单,便于扩大化工业生产与应用。