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专利号: 2023110588038
申请人: 燕山大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2026-06-16
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.基于新型激励函数预测变加速直线运动中位移与时间关系的DNA分子学习机方法,其特征在于,包括以下步骤:S1:基于DNA链置换反应构建激励函数;

S2:利用理想化反应设计分子学习机,并将S1构建的激励函数嵌入到该分子学习机中;

S3:根据S2中构建的分子学习机,设计相应的DNA分子反应模块,完成该分子学习机的DNA编译;

S4:将S3中的DNA分子学习机进行训练使权值得到更新,计算DNA分子学习机的输出与期望值之间的相对误差,当相对误差达到或低于设定阈值时,达到训练目标;

S5:为衡量该DNA分子学习机的拟合和预测能力,对其进行测试评估;

所述S1中激励函数的理想化反应描述为:反应(1)的微分方程如下:

公式(2)中的第二个式子两端同时取积分可得:由公式(3)可得物质A的数学解析解为:lnA(t)=‑kxt+C1         (4)其中C1∈R,可得

当t=0时,A(0)=[A]0,因此 显然‑kxt

A(t)=[A]0e               (6)其中[*]0代表*的初始浓度;

公式(2)中的第三个式子两端同时取积分可得:将公式(6)的结果带入到公式(7)中,可得:将积分变量t替换成‑kxt可得:

根据公式(9),可以得到y(t)的表达式为:‑kxt

y(t)=C2‑[A]0e

其中C2∈R,当t=0时,y(0)=[y]0,因此C2=[A]0+[y]0,则可得:‑kxt

y(t)=([A]0+[y]0)(1‑e )        (10)公式(10)为新型激励函数的表达式;

反应(1)由如下DNA链置换反应实现:其中x和y为信号DNA分子,Ga、Gb和H为辅助DNA链。

2.根据权利要求1所述的基于新型激励函数预测变加速直线运动中位移与时间关系的DNA分子学习机方法,其特征在于,所述S2中的分子学习机包括输入层部分、隐藏层部分、输出层部分,其中输入层部分表达式如下:其中反应(12)包含催化反应模块1和降解反应模块,输入层的节点数为N,则i=1,

2,…,N

输入层理想化反应描述为:

隐藏层部分表达式如下:

其中反应(14)包含催化反应模块1和降解反应模块,其中隐藏层的节点数量为L,则n=

1,2,…,L;

输出层部分的理想化反应表达式如下:

反应(15)包含催化反应模块2和降解反应模块,其中输出层的节点数量为M,则j=1,

2,…,M;

信号分子Win和Vnj的浓度表示权值,Sn代表求和结果,yn代表激励函数的输出结果,dj代表输出层的输出结果,Win、Vnj、Sn、yn的浓度需要按如下反应加以调节;

反应(16)中Win和Vnj为短DNA链,前两项为调节反应模块1;而Sn、yn和Yj为长DNA链,后三项为调节反应模块2;

根据反应(12)‑(16),可得Pn、Pj′、yn和 的微分方程为当物质Pn、Pj′和 的浓度趋近于平衡的时候,则 和 再结合公式(17),可得:

其中 和 分别为隐藏层的激励函数和输出层的输出函数。

3.根据权利要求2所述的基于新型激励函数预测变加速直线运动中位移与时间关系的DNA分子学习机方法,其特征在于,所述催化反应模块1反应方程为:它由如下DNA链置换反应得到:

其中Pi被催化,Xi为输入信号DNA分子,Wi为权值报告链,Ami、Ani和Ci为辅助DNA链,且辅助DNA链的初始浓度为Cm,并满足Cm≥[Pi]0且Cm≥[Wi]0且Cm≥[Xi]0,反应速率qi和ki满足qi≤qm,ki=qi,qm表示最大反应速率;

所述催化反应模块2反应方程为: 由如下DNA链置换反应得到:其中Pi被催化,Uai、Ubi、Di及Vi为辅助DNA链,且辅助DNA链的初始浓度设定为Cm,并满足Cm≥[Pi]0且Cm≥[Yi]0;反应速率qi满足qi≤qm,ki=qi;

所述降解反应模块的反应方程为: 由如下DNA链置换反应得到:其中Pi被降解,Tai、Tbi和Mi为辅助DNA链,且辅助DNA链的初始浓度为Cm,并满足Cm≥[Pi]0且Cm≥[Yi]0;反应速率qi满足qi≤qm,ki=qi;

所述调节反应模块1方程为 由如下DNA链置换反应得到:其中DNA链Wi、Eai和Ebi的初始浓度满足[Wi]0<<[Ebi]0且[Eai]0<<[Ebi]0,反应速率满足kci=qci,kdi=qdi,调节反应模块1用于短DNA链的调节作用,其中Wi为短DNA链;

所述调节反应模块2方程为 由如下DNA链置换反应得到:其中DNA链Yi、Wai和Wbi的初始浓度满足[Yi]0<<[Wbi]0且[Wai]0<<[Wbi]0,反应速率满足kmi=qmi,kni=qni,调节反应模块2用于长DNA链的调节作用,其中Yi为长DNA链。

4.根据权利要求1所述的基于新型激励函数预测变加速直线运动中位移与时间关系的DNA分子学习机方法,其特征在于,所述S4中训练过程包括以下步骤:S4‑1:训练数据的归一化处理

DNA分子学习机的训练由多组训练迭代完成,每组数据又由N个数据构成,即该学习机有N个输入,则i=1,2,…,N;

其中

αip表示第p组训练数据中的第i个训练数据p=1,2,…,P,Xi=[αi1,αi2,…,αiP]表示由P组训练数据中的第i组训练数据形成的矩阵,函数max(*)和min(*)分别用于求出矩阵的最大值和最小值,此外,σ表示正调整系数,而χip和 分别表示分子学习系统的输入信号和输出信号;

S4‑2:机器学习的训练评估

在一轮训练中,定义相对误差ep如下:

其中

其中Dp表示使用所提出的激励函数获得的计算结果, 和 分别表示训练后Win和Vnj达到动态平衡后的浓度;

当一组训练数据已经被完全训练时,打乱P组训练数据的顺序然后继续下一次训练循环,利用平均相对误差来评估该训练迭代的有效性;

第l次训练迭代的平均相对误差 定义为:在多次训练迭代之后,直至 的值达到或低于预定阈值。

5.根据权利要求4所述的基于新型激励函数预测变加速直线运动中位移与时间关系的DNA分子学习机方法,其特征在于,所述S5中测试过程包括机器学习的测试评估,其过程如下:使用与训练数据不同的一组单独的Q组数据作为测试数据,该测试数据需要经过公式(23)中描述的归一化过程,以便进行如下准确评估:其中βiq表示第q组测试数据中的第i个训练数据,q=1 .2 .....Q,定义相对误差e′q用于衡量测试性能:

其中

D′q表示使用第q组训练数据和所提出的激励函数获得的计算结果,此外, 和 表示完成训练后获得的权重值。

6.根据权利要求2所述的基于新型激励函数预测变加速直线运动中位移与时间关系的DNA分子学习机方法,其特征在于,所述输入层部分、隐藏层部分和输出层部分中的催化反应模块1、降解反应模块属于同一类型的反应模块,但不是同一反应模块。