利索能及
我要发布
收藏
专利号: 2022102358237
申请人: 佛山科学技术学院
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2026-06-16
缴费截止日期: 暂无
联系人

摘要:

权利要求书:

1.一种与母猪繁殖性状有关的分子标记,其特征在于,该分子标记为SNP分子标记,所述SNP分子标记位于猪1号染色体96673697bp位置或猪10号染色体58587289bp位置,猪参考基因组为Sscrofa11.1;所述猪1号染色体96673697bp位置为C>T突变的突变位点,所述猪10号染色体58587289bp位置为C>T突变的突变位点。

2.一种用于评价母猪繁殖性状的分子标记序列,其特征在于,该分子标记序列为权利要求1所述突变位点的上下游100±20bp序列。

3.根据权利要求2所述的分子标记序列,其特征在于,所述分子标记序列如下所示:

5’‑TCCCCACTTCTGTAAAATGAGTAACAGCTATACTACATTGGGCTACTGTGATGATTAAATACAAGTCTTTCAGAACCAAAAAGCTTCAGGTACAGATCTG(SEQ ID NO:1)‑E‑ACCCCACTGTCACTGGTAGGGTTGTCTCTGAGTGGACACTTGCACGTGATGTTCTTTGAGATTTCTCAAAGGCAGGTATGAACTTATTTACAAGAACCAA ‑3’ (SEQ ID NO:2),其中E为突变位点;

或5’‑TTTATATCTGTTATTAAAGCAGTAATTTCCCACAAACTGGTTACTTTTCTAAAGGAGGTAGGTTATTGTAAGGTCGTCTATTGCTGGATAACTCAGATTG(SEQ ID NO:3)‑F‑CCCTGCTCGTTAGTGTTTATAATGTGCTGCCTGGAATGACCTAGTCCTCAGGATGAACTCACCACAACTATTGACTTGGCAGCCAGTTGCTTTCTAAGAC ‑3’ (SEQ ID NO:4),其中F为突变位点。

4.一种用于评价母猪繁殖性状的方法,其特征在于,该方法包括获取权利要求2‑3中任一项所述分子标记序列的检测结果,当猪1号染色体96673697bp位置为C时,则判断母猪的产仔总数和活仔总数高;或当猪10号染色体58587289bp位置为T时,则判断母猪的产仔总数和活仔总数高。

5.一种应用权利要求1所述分子标记的筛选方法,其特征在于,包括以下步骤:获取表型‑系谱数据、SNP分子标记:获取待测母猪的表型‑系谱数据,得到所述待测母猪的产仔总数和活仔总数的数据,对所述待测母猪取样,提取DNA,基因分型,得到覆盖全基因组的SNP分子标记;

质量控制:对所述覆盖全基因组的SNP分子标记进行物理位置更新,除去预定的SNP分子标记,根据预定质量控制标准,进行质量控制;

数据分析:结合所述待测母猪的产仔总数和活仔总数的数据,对质量控制后的SNP分子标记进行GWAS分析,并分析不同基因型群体母猪繁殖性状差异情况,筛选得到与母猪繁殖性状相关的分子标记。

6.根据权利要求5所述的筛选方法,其特征在于,所述数据分析步骤后还包括数据验证步骤,所述数据验证步骤包括:采用方差分析和多重比较分析不同基因型群体母猪繁殖性状差异情况。

7.根据权利要求5所述的筛选方法,其特征在于,所述获取表型‑系谱数据、SNP分子标记步骤中,采用GGP 50k SNP芯片进行所述基因分型;所述质量控制步骤还包括:对质量控制后的缺失基因型,进行填充,根据预定质量控制标准,再次质量控制;所述数据分析步骤中,采用R统计环境下rMVP软件包的FarmCPU模型进行GWAS分析。

8.根据权利要求7所述的筛选方法,其特征在于,所述质量控制步骤中,所述物理位置更新根据猪参考基因组Sscrofa11.1,采用NCBI基因组比对程序进行更新;

所述质量控制标准为个体检出率≥90%、SNP检出率≥90%且小等位基因频率≥0.01。

9.一种种猪的选育方法,其特征在于,按照权利要求4所述的方法进行检测,当猪1号染色体96673697bp位置为C时,则判断母猪的产仔总数和活仔总数高,留用母猪;或当猪10号染色体58587289bp位置为T时,则判断母猪的产仔总数和活仔总数高,留用母猪。

10.根据权利要求9所述的选育方法,其特征在于,所述留用母猪的1号染色体

96673697bp位置的基因型为CC,或所述留用母猪的10号染色体58587289bp位置的基因型为TT。