利索能及
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专利号: 2021112141782
申请人: 大理大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2026-06-16
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种基因模块群的相似性度量方法,其特征在于,包括:

获取第一基因模块群和第二基因模块群,所述第一基因模块群中包括至少一个第一基因模块,所述第二基因模块群中包括至少一个第二基因模块,所述第一基因模块和所述第二基因模块中分别包括至少三个基因和至少一条基因互作关系;

根据公式 计算所述第一基因模块和所述第二

基因模块的相似性,其中,Simij为所述第一基因模块和所述第二基因模块的基因模块相似(i) (j) (i)性,V 为所述第一基因模块中的基因,V 为所述第二基因模块中的基因,E 为所述第一(j)基因模块中的基因互作关系,E 为所述第二基因模块中的基因互作关系;

根据所述第一基因模块和所述第二基因模块的基因模块相似性,计算得到所述第一基因模块群和所述第二基因模块群的相似性;

所述第一基因模块和所述第二基因模块的基因模块相似性Simij通过基因模块相似性矩阵[Simij]M×N表示,其中,M为所述第一基因模块群中所述第一基因模块的个数,N为所述第二基因模块群中所述第二基因模块的个数;

所述根据所述第一基因模块和所述第二基因模块的相似性,计算得到所述第一基因模块群和所述第二基因模块群的相似性,包括:根据所述基因模块相似性矩阵和公式

计算所述第一基因模块群和所述第二基因模块群的相似性GSimIJ,其中,rowSim为所述基因模块相似性矩阵中每行最大值的平均值,colSim为所述基因模块相似性矩阵中每列最大值的平均值,I为所述第一基因模块群,J为所述第二基因模块群。

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述获取第一基因模块群和第二基因模块群,包括:获取基因表达谱数据;

通过预设的聚类算法,对所述基因表达谱数据进行聚类识别,得到所述第一基因模块群或所述第二基因模块群。

3.根据权利要求1所 述的方法,其特征在于,在计算得到所述第一基因模块群和所述第二基因模块群的相似性之后,还包括:根据所述第一基因模块群和所述第二基因模块群的相似性获取所述第一基因模块群和所述第二基因模块群的距离。

4.一种基因模块群的相似性度量装置,其特征在于,包括:

获取模块,用于获取第一基因模块群和第二基因模块群,所述第一基因模块群中包括至少一个第一基因模块,所述第二基因模块群中包括至少一个第二基因模块,所述第一基因模块和所述第二基因模块中分别包括至少三个基因和至少一条基因互作关系;

计算模块,用于根据公式 计算所述第一基因模

块和所述第二基因模块的相似性,其中,Simij为所述第一基因模块和所述第二基因模块的(i) (j)基因模块相似性,V 为所述第一基因模块中的基因,V 为所述第二基因模块中的基因,E(i) (j)为所述第一基因模块中的基因互作关系,E 为所述第二基因模块中的基因互作关系;

所述计算模块,还用于根据所述第一基因模块和所述第二基因模块的基因模块相似性,计算得到所述第一基因模块群和所述第二基因模块群的相似性;

所述第一基因模块和所述第二基因模块的基因模块相似性Simij通过基因模块相似性矩阵[Simij]M×N表示,其中,M为所述第一基因模块群中所述第一基因模块的个数,N为所述第二基因模块群中所述第二基因模块的个数;

所述计算模块,具体用于根据所述基因模块相似性矩阵和公式

计算所述第一基因模块群和所述第二基因模块群的相似性GSimIJ,其中,rowSim为所述基因模块相似性矩阵中每行最大值的平均值,colSim为所述基因模块相似性矩阵中每列最大值的平均值,I为所述第一基因模块群,J为所述第二基因模块群。

5.根据权利要求4所述的装置,其特征在于,所述获取模块,具体用于获取基因表达谱数据;

通过预设的聚类算法,对所述基因表达谱数据进行聚类识别,得到所述第一基因模块群或所述第二基因模块群。

6.根据权利要求4所 述的装置,其特征在于,所述获取模块,还用于根据所述第一基因模块群和所述第二基因模块群的相似性获取所述第一基因模块群和所述第二基因模块群的距离。

7.一种电子设备,其特征在于,包括处理器、存储介质和总线,所述存储介质存储有所述处理器可执行的机器可读指令,当所述电子设备运行时,所述处理器与所述存储介质之间通过总线通信,所述处理器执行所述机器可读指令,以执行权利要求1‑3任一项所述的方法。

8.一种计算机可读存储介质,其特征在于,所述计算机可读存储介质上存储有计算机程序,所述计算机程序被处理器运行时执行权利要求1‑3任一项所述的方法。