1.一种基于残基位置特征的蛋白质相互作用位点预测方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
1)输入一个氨基酸残基数为L的待进行蛋白质相互作用位点预测的蛋白质序列,记作S;
2)对蛋白质序列S中的每个氨基酸残基Rl,l=1,2,…,L,通过以下公式获取它的残基位置特征向量 其中Hl中第n个元素Hl,n的计算方式为:
3)从UniProt数据库中获取已知蛋白质相互作用位点标签的蛋白质序列作为训练集,使用步骤2)生成所有氨基酸残基的特征向量,构建训练样本集;
4)搭建卷积神经网络预测蛋白质序列S中的相互作用位点,该网络共有四层,分别为卷积层、归一化层、池化层、全连接层;使用sigmoid激活函数使网络的输出值在(0,1)范围内;
5)利用步骤3)中构建的训练样本集和交叉熵损失函数训练步骤4)中搭建的网络,获取预测模型;
6)将蛋白质序列S中残基的特征向量输入到步骤5)获取的模型中,当模型输出的预测概率值大于阈值threshold,则判定对应的残基为蛋白质相互作用位点。