1.一种与辣椒簇生花序基因紧密连锁的Indel分子标记,是从辣椒6号染色9258832处开始的一段23bp的插入/缺失,其序列如下:TTGGTAGGATTTTGAACCATTGC。
2.一种权利要求1所述的Indel分子标记的引物,其特征在于:是根据23bp插入/缺失片段的上下游设计的引物。
3.根据权利要求2所述的引物,其特征在于,
正向引物In-9258-F: 5′-TCAGTATTACACTCTACCAAACGTG-3′,反向引物In-9258-R: 5′-ATTCTCATGTATTGCTAATACCACC-3′。
4.权利要求1所述的Indel分子标记和权利要求2或3所述的引物在预测辣椒簇生花序和单生花序类型及分子辅助育种中的应用。
5.根据权利要求4所述的应用,其特征在于:
(1) 提取辣椒单株DNA作为模板;
(2) 加入权利要求2或3所述的引物进行PCR扩增;
(3) 利用琼脂糖凝胶电泳对PCR产物进行检测,利用凝胶成像系统读取带型;
(4) 根据步骤(3)所得带型,当仅有单一的221bp特异条带出现时,预测为簇生花序类型单株;单一的198bp特异条带出现或者同时具备221 bp与198 bp的特异条带时,预测为单生花序类型单株。
6.权利要求1所述的辣椒簇生花序基因紧密连锁的分子标记的获得方法,其特征在于,包括以下步骤:(1)利用辣椒单生花序的高代自交系为父本,辣椒簇生花序的高代自交系为母本,杂交构建F2群体;
(2)对F2群体进行花序表型鉴定,采用BSR法分别获得单生花序混池和簇生花序混池,并进行RNA-seq测序,对测序结果进行生物信息学分析后获得与辣椒簇生花序连锁的染色体区域;
(3)利用InDel分子标记技术,开发目标染色体区域的基于PCR的InDel分子标记,获得与簇生基因紧密连锁的分子标记。