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专利号: 2018101624528
申请人: 广州大学
专利类型:发明专利
专利状态:无效专利
更新日期:2025-03-28
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种基于基因通路识别小分子核糖核酸的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:

步骤S1、确定基因表达谱数据和通路数据,并根据所述确定的基因表达谱数据和通路数据,通过最小生成树的方法找到功能异常的子通路;

步骤S2、在所述确定的基因表达谱数据中,筛选出所述功能异常的子通路所对应的差异表达基因,并将所筛选出的差异表达基因作为候选基因;

步骤S3、通过预设的小分子核糖核酸和基因关系,确定所述候选基因所对应的小分子核糖核酸,并运用预设的小分子核糖核酸功能相似网络构建相似度公式来二次筛选所述候选基因的小分子核糖核酸;

所述步骤S1具体包括:

确定基因表达数据库,并从所述基因表达数据库中,提取基因表达数据后用多阵列平均方法对数据做归一化处理,且进一步确定所述归一化处理后的基因表达数据的通路数据;

根据所述通路数据来构建无向图,且将每一无向图中的节点均设置为酶,若两个酶在同一反应中对应同一个化合物,则这两个节点之间连接一条边,并根据酶与酶之间距离的相似性采用k‑clique聚类算法,将有相同功能的酶聚类在一起,计算所得的每个k‑clique则为代谢通路的子通路;其中,所述子通路内任意两节点之间的距离不大于k;k为正整数;

在每一个子通路中,计算每两个差异节点的最短路径,并筛选出包含所计算的出的最短路径小于或者等于预设值的两个差异节点所对应的子通路作为功能异常的子通路,且进一步将所筛选出两个差异节点间的不差异的节点添加到集合里面作为每个功能异常的子通路的节点;

所述步骤S3中“运用预设的小分子核糖核酸功能相似网络构建相似度公式来二次筛选所述候选基因的小分子核糖核酸”的具体步骤包括:运用预设的小分子核糖核酸功能相似网络构建相似度公式计算候选基因的小分子核糖核酸的相关分数,分数Rh越大越表明候选基因的小分子核糖核酸就是所需的;其中,sim(Ri,Rh)表示一对候选基因的小分子核糖核酸Ri和Rh的相似程度;N为筛选小分子核糖核酸的种子数。

2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤S2具体包括:根据所述功能异常的子通路,重构从信号通路的基因网络;

将差异基因映射在所述重构的基因网络中,并在所述确定的基因表达谱数据中,定位及评估所述功能异常的子通路的统计量和扰动意义来筛选出差异表达异基因,并将所筛选出的差异表达基因作为候选基因。