1.开发4对EST-SSR引物的方法,其特征在于,包括如下步骤:(1)基因组DNA提取
提取24份樱属植物的DNA,检测DNA的浓度和纯度,依据测得的DNA浓度,用预热的TE溶液将DNA样品溶液稀释后作为模板DNA,-20℃保存备用;
(2)序列来源
登录NCBI,搜索Cerasus,得到EST序列,随机选择其中部分EST序列进行SSR位点查找及其引物设计;
(3)SSR位点查找
利用在线搜索软件SSRIT对步骤(2)所选的EST序列进行SSR位点搜索;
(4)SSR引物设计
根据步骤(3)的搜索结果用Primer5.0和Oligo7软件进行引物设计和评价,将设计出并评估合格的20对SSR引物命名为PC1~PC20;
(5)EST-SSR引物初步筛选
将步骤(4)设计的EST-SSR引物交由专业商业公司合成;利用普通梯度PCR仪对引物进行最适复性温度的筛选;随机选择8种野生樱属植物用于引物以及最适退火温度的筛选,各引物对的最适退火温度通过梯度PCR试验确定;后通过琼脂糖凝胶电泳筛选出有目标条带的引物16对;
(6)EST-SSR引物进一步筛选
在最适退火温度下,对24份樱属植物材料进行PCR扩增,对扩增产物采用6%的聚丙烯酰胺凝胶进行电泳,银染,1/‰,胶干;最终从16对引物中选择出引物4对;
4对EST-SSR引物,其核苷酸序列如下所示:
PC1:F:CACACACACCTTCTCTCTCCTGR:GTTGTTATTGGTCTTGCTGCTG
PC10:F:GGCACAAAAGAGAGGAACTTGTR:AGGGTTACAGCCTCAATACCAA
PC12:F:ATATGGGCTGCGTTTATATTGGR:GATTGCACATGCCTTTGTCTTA
PC17:F:AATTTGCAGAGATGGCTTCCR:CTTCTCCTTGGCTTCTTTTGTC;
所述步骤(6)的PCR反应体系为20μL,其中包括:10μL的2×TaqPCRMasterMix,0.4μL的模板DNA,0.8μL、5μmol·μL-1的引物对×2,8μL的ddH2O;反应程序为94℃预变性5min,然后进行35个循环,每个循环包括94℃变性30s,48-64℃复性30s,72℃延伸30s,最后72℃延伸
7min,4℃保存。
2.如权利要求1所述的开发4对EST-SSR引物的方法,其特征在于,所述步骤(1)中DNA样品溶液稀释后的浓度为50ng·μL-1。
3.如权利要求1所述的开发4对EST-SSR引物的方法,其特征在于,所述步骤(3)SSR位点搜索标准为:二、三、四、五和六核苷酸的最小重复次数分别为10、6、5、4、3次,EST序列长度大于100bp,SSR起始点位置距离5'和3'不小于20bp。
4.如权利要求1所述的开发4对EST-SSR引物的方法,其特征在于,所述步骤(4)中设计引物时设置的主要参数为:GC含量40%~70%,退火温度50~62℃,引物长18~24bp,上下游引物Tm值之差在1℃范围之内,预期扩增产物长度100~500bp。
5.如权利要求1所述的开发4对EST-SSR引物的方法,其特征在于,所述步骤(5)的PCR反应体系为20μL,其中包括:10μL的2×TaqPCRMasterMix,0.4μL的模板DNA,0.8μL、5μmol·μL-1的引物对×2,8μL的ddH2O;反应程序为94℃预变性5min,然后进行35个循环,每个循环包括94℃变性30s,48-64℃复性30s,72℃延伸30s,最后72℃延伸10min,4℃保存。
6.如权利要求1中所述的4对EST-SSR引物在樱属植物指纹图谱构建中的应用。